然而，毋庸讳言，目前我国远程会诊系统在医疗单位的思想认识、技术水平、人才准备和经费投入等方面，仍然存在着不少问题与症结。总体来说，远程会诊系统的建设目前处于“叫好不叫座”的尴尬状态，具体表现如下：

1.远程会诊普及率仍很低。一方面，目前许多医务人员对远程会诊技术操作形式的作用和意义感知不深，部分医师墨守成规，不愿接受新技术，认为自己的医术已经享有一定的知名度，申请会诊面子上过不去；另一方面，多数患者对这种新的医疗服务方式的优越性不了解，仍然习惯于专家亲自触诊和叩诊，认为网上远程望诊“不可靠”，思想上存在顾虑，不愿轻易尝试远程会诊，导致远程会诊的应用推广率仍较低，尤其是在三、四线城乡地区。

2.远程传输质量不稳定。在实时会诊过程中和传输资料时，由于线路问题、终端问题、软件问题等，有时会出现传输速度慢、语音延时长、连接不稳定、图像小且不清晰等情况，甚至出现线路中断、死机，严重影响了远程会诊工作的质量和医患双方的积极性。

3.系统兼容技术不高。目前一些地方医院远程医疗系统通信制式仍不兼容，没有统一标准，开放性差，不同的会诊中心不能互相通信，会诊设备的性能低，不能进行多点服务，达不到资源(医学数据库、医学图像库)共享的目标。

4.大幅面医学图像处理困难。医学图像在病人信息、远程会诊中将起到重要作用，但如果信息量太大，在远程采集和传输时就会碰到难点。用扫描仪最大只能扫描A4幅面，实际CT片、核磁共振及同位素片要大得多，若彻底剪开，则会给医生判读造成不便，难于保证准确率。

5.远程传输的安全问题。在远程网络环境中传播和存储信息，也容易受到黑客、病毒攻击，造成信息失密、信息被盗、被删除或被改写等严重后果，因此医患双方对电子病历、信息资料的加密能否确保绝对安全、医院之间交换电子病历时如何互联互信、法律效力如何确定等问题仍心存忧虑，这也制约了远程医诊的推广、普及。

6.网络建设费用制约远程会诊中心的普及。远程医疗会诊中心部署建设的费用相对较大，尤其是项目式开发，成为各方条件尚缺的三、四线城市推广远程医疗会诊系统应用的一个瓶颈。

另外，我国目前从事远程会诊工作的基本是兼职人员，由于身兼数职，没有精力潜心钻研业务，有会诊任务时，临时抱佛脚，造成业务不专，技术不精，也影响了远程会诊的推广。